要使用万方查重系统进行毕业论文修改，首先需要注册并登录系统账号。上传需要查重的论文，系统会自动进行查重并生成查重报告。根据查重报告的结果，对论文进行适当的修改，避免高重复率的内容。建议修改后再次上传并查重，直到符合要求。此外，注意论文格式、引用格式等也是重要的修改方向。

毕业论文修改建议包括：检查论文格式、排版是否符合要求；逐句检查语法、拼写错误；核对文献引用格式是否规范；确保论文结构合理、逻辑清晰。此外，合理引用外部资料，避免抄袭，也是修改的重点。在修改过程中，可以借助万方查重系统对修改效果进行反复验证，确保论文通过查重并符合要求。